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1、南通医学院这三个学科还不错，是省重点学科:人体解剖与组织胚胎学 / 航空、航天与航海医学 内科学 / 外科学 南通医学院目前没有一级学科博士点，也不能独立培养博士，都是联合其他学校共同培养 安徽医科大学的博士点27个，皮肤病与性病学为国家重点学科，病理科为国家临床重点专科，中药药理学为国家中医药重点学科，有19个省级重点学科，省部共建国家重点实验室培育基地，2个教育部省部共建重点实验室、13个中央(财政部)与地方共建实验室，22个省级以上(重点)实验室(工程技术中心、科技公共服务平台)，是国家药品临床研究基地。
2、有2个安徽省科技创新团队，1个安徽省“115”科技产业创新团队。
3、《流行病学》、《临床药理学》是国家级精品课程，预防医学、药学、临床医学、公共事业管理专业是国家级高等学校特色专业建设点，临床药理学教学团队为国家级教学团队。
4、获得国家级教学成果二等奖一项。
5、 总体上安徽医科大学实力要强很多，安徽医科大学在省内录取分数线超过一本15 --20分，本硕连读的得一本以上45分。
6、安徽医科大学全国综合排名160，南通大学全国排名247。
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